Гидрографическую сеть заказника представляет река Белый Июс с её крупными притоками: Большая и Малая Сыя, Ызыхчул.
Большая Сыя – левый приток реки Белый Июс.
Образуется от слияния ручьев Королевская Сыя и
Леонтьевский.
Малая Сыя – левый приток реки Белый Июс. Берёт
начало на южном склоне горы Вершина Тургаюла и бежит по западной части территории заказника.
Ызыхчул – левый приток реки Белый Июс, Берёт
начало на северном склоне хребта Витальевский Голец.