Фауна
В водоёмах обитают сибирский елец, сибирский хариус, обыкновенная щука, обыкновенный гольян и другие.
Авифауну представляют: горная трясогузка, обыкновенная горихвостка, чёрный коршун, горный конёк, тетерев, глухарь, белая (тундряная) куропатка и другие.
Обычными видами являются: сибирский крот, обыкновенная лисица, соболь, росомаха, бурый медведь, благородный олень (марал), сибирская косуля и другие.
Редкие и исчезающие виды животных, занесённые в Красную книгу: чёрный аист, беркут, филин, балобан, серый сорокопут, речная выдра, кабарга, северный олень (лесной подвид).
Наиболее значимым объектом природоохранной деятельности является северный олень (лесной подвид). Алтае-саянская популяция данного вида занесена в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Республики Хакасия. В границах заказника обитает южная группировка вида, численность которой не превышает 100 особей.