Большая Ерба — река предгорий Батенёвского кряжа, правый приток реки Ерба, впадающей в реку Енисей.
Тесь — левый приток Красноярского водохранилища, имеет в основном снеговое питание.
На территории заказника реки мелководные, местами с широкими разливами, запрудами, образовавшимися за счёт деятельности бобров.