Территория заказника расположена в юго-западной части Минусинской котловины.
заказника «Урочище Трёхозёрки»
Озёра мелководные, быстро прогревающиеся, с многочисленными островами и песчаными косами. Имеют различную степень минерализации. Населены большим количеством водных беспозвоночных.
Такие характеристики водоёмов создают в заказнике хорошие защитные и кормовые условия для обитания водоплавающих и околоводных птиц.
Основной фон растительности создают степи. Вокруг озёр обычны лугово-солончаковые и солончаково-степные группировки с господством бескильниц и чия, в прибрежной части развиты заросли солянок.
В пределах заказника зарегистрировано более 140 видов высших сосудистых растений.
Встречается селитрянка сибирская – вид, занесённый в Красную книгу Республики Хакасия.
В заказнике обитает более 200 видов птиц. Обычными видами являются огарь, кряква, широконоска, лысуха, озёрная и серебристая чайки, черноголовый чекан, жёлтая трясогузка и другие.
Из представителей млекопитающих обычны: полёвка обыкновенная, мышь малютка, длиннохвостый суслик, заяц-русак, лисица, ондатра, водяная полёвка, степной хорь, барсук.
Редкие и исчезающие виды животных, занесённые в Красную книгу: черноголовый хохотун, малый лебедь, беркут, журавль красавка, шилоклювка, пеганка, серый журавль, лебедь-кликун, серый гусь и другие.
