Памятник природы расположен на территории Боградского района Республики Хакасия в окрестностях деревни Толчея и села Вершино-Биджа.
Территория памятника природы находится в северо-восточной части Республики Хакасия на Косинском хребте Батеневского кряжа
Растительный покров наземной части памятника природы
«Бородинская пещера» принадлежит к лесостепному поясу растительности, включающему степной и лесной типы растительности.
Преобладающими видами являются: лиственница сибирская, сосна обыкновенная, берёза повислая.
Основу степной растительности составляют пырей ползучий, кострец безостый, ежа сборная, овсянница луговая, герань луговая, льнянка обыкновенная и другие.
Всего во флоре памятника природы выявлено свыше 120 видов высших сосудистых растений.
Авифауну представляют пёстрый дятел, седой дятел, длиннохвостая синица, лесной конёк, рябчик и другие.
Фаунистический состав территории уникален за
счет наличия пещер, населённых представителями
отряда рукокрылые. Ночница прудовая и ушан бурый - наиболее часто встречаемые виды в Бородинской пещере, занесены в Красную книгу Республики Хакасия.
Обычными видами являются: косуля сибирская, лисица обыкновенная, заяц-беляк, полёвка-экономка и другие.